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VirtualBox の設定は virtualbox プロバイダの設定で行います。
VirtualBox プロバイダの customize メソッドは VirtualBox の VBoxManage コマンドを経由して、これから起動しようとしている コマンドを経由して、
これから起動しようとしている VM のあらゆる設定を行います。

たとえば、メモリサイズを変更する場合は次のように書きます。

config.vm.provider :virtualbox do |vbox|
  vbox.customize ['modifyvm', :id '--memory', '4096']
end

VBoxManage コマンドの詳細は VirtualBox のドキュメント [ https://www.virtualbox.org/manual/ch08.html ] を確認してください。のドキュメント を確認してください。

メモリサイズや CPU コア数を設定する

仮想マシンの基本的なリソースもここで設定できます。 

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Vagrantfile は Git リポジトリでバージョン管理されるファイルです。
しかし、利用者ごとに異なるユーザー名やパスワードなどは Git リポジトリにコミットしたくないので、Vagrantfile リポジトリにコミットしたくないので、
Vagrantfile に直接書くのは避けたいです。

.yml ファイルを読み込む

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dotenv を Vagrant のプラグインとしてインストールしておき、.env ファイルに設定を書く方法や、vagrantファイルに設定を書く方法や、
vagrant-secret プラグインを利用する方法などがあるようです。

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プラグインがインストールされているかチェックする

vagrant-omnibus などの必須プラグインがインストールされていない場合に、そのまま などの必須プラグインがインストールされていない場合に、
そのまま vagrant up を実行してしまうと Ruby のスタックトレースが表示され、vagrant up が失敗します。
スタックトレースを見ても、ユーザーはどうしてそれが失敗したのか判断できない場合が多いです。

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config.vm.provision :chef_solo do |chef|
  chef_gem_path    = "/opt/chef/embedded/lib/ruby/gems/1.9.1"
  chef.binary_env  = "GEM_PATH=#{chef_gem_path} GEM_HOME=#{chef_gem_path}"
  chef.binary_path = "/opt/chef/bin"
end

yum や Chef の remote_file でダウンロードしたファイルをホストにキャッシュする

vagrant-cachier プラグインを使用します。

このプラグインを使用すると、ホストマシンのディレクトリが /var/cache/yum や Chef::Config[:file_cache_path] に
マウントされ、Box 単位、または Vagrant up する VM 単位で永続化されます。 

利用するには、vagrant-cachier プラグインのインストールが必要です。

$ vagrant plugin install vagrant cachier

Vagrantfile では vagrant-cachier プラグインがインストールされている場合に、
キャッシュする単位とキャッシュするモノを指定します。 

if Vagrant.has_plugin?('vagrant-cachier') then
  # Box 単位でキャッシュする
  config.cache.scope = :box
 
  # Chef と yum のファイルをキャッシュする
  config.cache.enable :chef
  config.cache.enable :yum
end